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2 | Recent publications have benchmarked current 16S and shotgun pipelines to analyze metagenomics data: | |||||||||||||||||||||||||
3 | McIntyre, et al. 2017 | doi: 10.1186/s13059-017-1299-7 | whole genome sequencing | |||||||||||||||||||||||
4 | Siegwald, et al. 2017 | doi: 10.1371/journal.pone.0169563 | amplicon sequencing, 16S rRNA | |||||||||||||||||||||||
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6 | The same datasets used for the benchmark were analyzed with GAIA, thus calculating its precision, recall and F-measure. | |||||||||||||||||||||||||
7 | The precision, recall and F-measure for the other pipelines were extracted from the publications. | |||||||||||||||||||||||||
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10 | Please find the different datasheets with the benchmarking results below: | |||||||||||||||||||||||||
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12 | - WGS-species | Results using the whole genome sequencing datasets from Segata et al., 2013 and Ounit and Lonardi, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
13 | - rRNA-family | Results using the 16S amplicon sequencing datasets from Siegwald, et al. at family taxonomic level | ||||||||||||||||||||||||
14 | - rRNA-genus | Results using the 16S amplicon sequencing datasets from Siegwald, et al. at genus taxonomic level | ||||||||||||||||||||||||
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